led_onoff_3.sh の内容

#!/bin/sh
#
# led_onoff_pin3.sh
#
LED=2 # LED点灯用GPIOポート #pin3=(GPIO-02)
#
# （注意：長時間on/offを繰り返すとフラッシュメモリーに影響する）
echo "$LED" > /sys/class/gpio/export
echo "out" > /sys/class/gpio/gpio$LED/direction
echo "1" > /sys/class/gpio/gpio$LED/value
sleep 3
echo "0" > /sys/class/gpio/gpio$LED/value

c言語の中では ret=system("./led_onoff.sh");とする
$ chmod 755 led_onoff.sh を忘れずに....